Im Februar 1983 starb Don Ignazio Vigoni Medici di Marignano, der letzte Nachkomme einer wohlhabenden deutsch-italienischen Familie. Testamentarisch vermachte er der Bundesrepublik Deutschland seinen Besitz am Comer See. Dieser umfaßt Ländereien, kleinere landwirtschaftlich genutzte Gebäude, vor allem aber zwei herrschaftliche Villen: Villa Mylius-Vigoni und Villa Garovaglio-Ricci.

Der Wunsch des Erblassers lautete, dort in Erinnerung an die Freundschaft seines Vorfahren Heinrich Mylius mit Johann Wolfgang Goethe und Alessandro Manzoni ein Zentrum zur Förderung der kulturellen und politischen Beziehungen zwischen Deutschland und Italien zu errichten. Nach den Worten des Testaments sollte das Anwesen dem Aufenthalt von Persönlichkeiten aus Politik und Diplomatie, von Wissenschaftlern, Schriftstellern, Künstlern, also als Sitz eines Zentrums für hohe deutsch-italienische Kultur dienen.

Nachdem Rechtsgültigkeit und Umsetzbarkeit des Testaments geprüft waren, leiteten vor Ort Beauftragte des Bundesministeriums für Bildung und Wissenschaft den Übergang der Villa Vigoni vom privaten Familienbesitz zur öffentlichen Kultur- und Wissenschaftsinstitution. Erste Treffen von Politikern und Wissenschaftlern fanden bereits 1984 statt. Die Bundesregierung nahm im Juni 1984 das Legat offiziell an und beschloß die Mittel für Ausbau und Ausstattung der Villen. Dabei schloß das Grundkonzept von Anfang an programmatisch die europäische Dimension mit ein, die im deutsch-italienischen Dialog einen wichtigen Pfeiler besitzt.

Am 21. April 1986 unterzeichneten die Außenminister Giulio Andreotti und Hans Dietrich Genscher in Bonn eine Regierungsvereinbarung über die gemeinsame Förderung und Nutzung der Villa Vigoni gemäß Ignazio Vigonis Testament durch die Gründung eines Vereins, der in den Rahmen des deutsch-italienischen Kulturabkommens von 1956 aufgenommen wurde. Wie es in dem Notenwechsel heißt, ist es Aufgabe des Vereins, die deutsch-italienischen Beziehungen in den Gebieten der Wissenschaft, der Bildung und der Kultur unter Einbeziehung ihrer Verknüpfungen mit Wirtschaft, Gesellschaft und Politik durch Studienaufenthalte, Kolloquien, Gesprächsrunden, Sommerakademien und künstlerische Veranstaltungen in der Villa Vigoni zu fördern.

Zur Gründungsidee gehört, daß sich die Villa Vigoni aber nicht im bilateralen Rahmen erschöpft, sondern diesen in eine europäische Perspektive stellt und die Weiterentwicklung der beiderseitigen Beziehungen als aktiven Beitrag in und für Europa versteht.

Im Februar 1987 wurde die Villa Vigoni im Vereinsregister Bonn als Verein eingetragen, dem die Republik Italien im März 1988 beitrat. Im Oktober 1988 folgte die Eintragung als italienische Associazione im Register von Como. Der Geschäftsbesorgungsvertrag vom 22. Dezember 1987 regelt, daß der Bund dem Verein Villa Vigoni e.V. die Liegenschaft zur unentgeltlichen Nutzung zur Verfügung stellt und ihm deren Verwaltung überträgt.

Auf Seiten der Republik Italien ist das römische Außenministerium für die Villa Vigoni zuständig; auf Seiten der Bundesrepublik ist es das Bundesministerium für Bildung und Forschung.

Organe des Vereins sind jeweils ein italienischer und ein deutscher Präsident, das Kuratorium und die Mitgliederversammlung. Vorstand des Vereins ist der Generalsekretär. Mitglieder sind Privatpersonen und juristische Personen, darunter das Auswärtige Amt in Berlin, das Universitätsministerium in Rom, die beiden Botschaften in Rom und Berlin, einzelne Bundesländer und Regionen bzw. Provinzen sowie Wissenschaftsförderorganisationen wie die Deutsche Forschungsgemeinschaft, der Consiglio Nazionale delle Ricerche, der Deutsche Akademische Austauschdienst oder die Compagnia di San Paolo.

Die Tätigkeit des Zentrums und die Bewahrung des Erbes der Familien Mylius und Vigoni werden außerdem durch den Verein der Freunde der Villa Vigoni e.V. unterstützt. Ihm können Privatpersonen, Unternehmen oder Institutionen beitreten, die sich für die Zielsetzung der Villa interessieren und sie fördern möchten.

Gegenwärtige Präsidenten:
 
Botschafter a.D. Michael H. Gerdts (seit 2013)

Ambasciatore Leonardo Visconti di Modrone (seit 2013).

Gegenwärtige Mitglieder des Kuratoriums

Bisherige Vertreter der Villa Vigoni