Villa Vigoni fokussiert sich thematisch auf drei Felder:

(1) Die komplexen Beziehungen zwischen Deutschland und Italien im europäischen Horizont, was Gegenwart und Geschichte umfaßt;

(2) Brennpunkte der Forschung, wobei Innovation und Impulse für transdisziplinäre multilaterale Forschergruppen im Vordergrund stehen;

(3) Fragen von hoher Aktualität für die Zivilgesellschaft. 

Eine Leitlinie bildet der spezifische Beitrag Deutschlands und Italiens zur europäischen Integration sowie deren Auswirkungen im globalen Kontext.

Folgende Themen sind Schwerpunktthemen:

a. „Deutschland und Italien nach Lissabon“

Dies umfasst das weite Feld der aktuellen europäischen Entwicklung. Behandelt werden Fragen wie „Die soziale Dimension europäischer Politik“ oder die „Möglichkeiten und Grenzen gemeinsamer Außen- und Sicherheits-, ebenso wie Innen- und Rechtspolitik“, darüber hinaus drängende Themen aus dem Bereich der governance wie jenes der Rahmenbedingungen für funktionierende Märkte oder, von der Gegenseite her beleuchtet, die demokratischen Mitsprachemöglichkeiten jenseits der Nationalstaaten. Ein zentraler Themenkomplex ist ferner das Verhältnis von Mitgliedstaaten und Europäischer Union, bis hin zu neuen Ansätzen auf die Frage, ob und in welchem Sinne es eine „europäische Identität“ geben kann.

b. Die kulturelle Dimension Europas

Der Zugriff der Villa Vigoni auf das Themenfeld „europäische Integration“ zeichnet sich durch ein distinktives Merkmal aus: die Einbeziehung der kulturellen Dimension Europas. Europa besteht nicht zuletzt aus einem engen Nebeneinander hochentwickelter Kulturen. Dies gilt es, als Vorteil im globalen Wettbewerb zu nutzen.

Insbesondere umfaßt das die Geschichte: Denn Europa hat eine spezifische Fähigkeit entwickelt, Historie als Ressource für die Zukunft zu nutzen, also ein dynamisch-offenes Verhältnis zu zeitlich Gegebenem einzunehmen, um daraus in Reflexion und Transformation eine Quelle der Innovation zu gewinnen.

Die Frage nach der kulturellen Dimension dringt im Zuge der Transdisziplinarität immer mehr in Bereiche ein, wo sie traditionell nicht vermutet wird: so etwa  in die Wirtschafts-, die Rechts- oder die Neurowissenschaften. Hierin schlägt sich die Einsicht Bahn, daß menschliches Verhalten durch kulturelle Prägungen mitbestimmt wird. 

c. Der europäische Hochschul- und Bildungsraum

Traditionell treffen sich hochrangige Wissenschaftsinstitutionen in der Villa Vigoni. Hinzu tritt eine Veranstaltungsserie, die sich Grundfragen des europäischen Hochschulraums widmet und den Erfahrungsaustausch über nationale Grenzen hinweg befördern soll. 

d. Deutsch-italienische Kriegsvergangenheit

Verschiedene Veranstaltungen bieten Komplemente zur Arbeit der deutsch-italienischen Historikerkommission, an der Villa Vigoni durch ein wissenschaftliches Sekretariat selbst beteiligt ist.

e. Umwelt und Energie

Dies ist eines der zukünftig immer wichtigeren Themen. Villa Vigoni ist bestrebt, es im Rahmen der Pflege und Fortentwicklung der Liegenschaft auch praktisch umzusetzen durch die Umstellung der Liegenschaft auf erneuerbare Energien. Dadurch wird die Villa Vigoni zu einem Modellprojekt mit über die nationalen Grenzen hinausreichender Ausstrahlung, nicht zuletzt in Hinblick auf die EXPO 2015 in Mailand.